Llicenciat en Ciències de la informació, Fontcuberta és professor d'Estudis de Comunicació Audiovisual a la Universitat Pompeu Fabra de Barcelona i la Universitat Harvard de Cambridge (Massachusetts), funcions que exerceix simultàniament amb la seva col·laboració amb diverses publicacions especialitzades en imatge. El 1980 va ser cofundador de la revista Photovision, editada en format bilingüe espanyol i anglès, ocupant el càrrec de redactor en cap.